一部の通知ダイアログではバージョンによってMB2で閉じる挙動が異なります。NX11では、マウスカーソルがグラフィック領域のどこにあってもMB2で閉じることができました。NX2206以降では、マウスカーソルが対応するウィンドウ内にある場合のみMB2で閉じることができます。
例)
この問題は、NXの不具合によるものです。修正バージョンが決まり次第、記事を更新します。
回避策は、マウスカーソルを対応するウィンドウ内に移動させてからMB2を選択してください。